1） 虹膜门禁产品的价格很高，而且实现起来很复杂。
2） 虹膜的拒真率很高，当出现拒真的情况后，很难人为的去判别该员工的虹膜是真是假，除非找专家鉴定，但人脸就不一样，具有直观性，当人脸识由于意外损伤后，同过门禁无法识别时，可以找人来认证一下，一看就知道是不是该人。
3） 虹膜也很容易造假，通过高清晰的照相机拍摄虹膜的照片，做成彩色的隐形眼睛戴上，这样就就可以通过虹膜门禁的识别。这种方法具有隐蔽性，不容易被发现，如果做一个假脸套在头上，就会很容易被发现。
4） 虹膜识别操作起来很麻烦，需要识别者对着仪器一直看，不能眨动眼睛，如果眼睛眨动就很难识别，出现拒真。
5） 虹膜不稳定，通过吃药可以改变眼睛的虹膜，女性的生育周期也能改变眼睛的虹膜。
